Kính gửi: Tổng cục Thuế.

Tổng cục Hải quan nhận được công văn số 639/HQĐL-NV ngày 23/6/2021 của Cục Hải quan tỉnh Đắk Lắk về vướng mắc hoàn thuế GTGT của Công ty TNHH Lâm Nghiệp. Về vấn đề này, Tổng cục Hải quan có ý kiến như sau:

1. Về mã loại hình xuất nhập khẩu hàng hóa

Tại thời điểm đăng ký các tờ khai của Công ty TNHH Lâm Nghiệp, theo phản ánh của Cục Hải quan tỉnh Đắk Lắk, mã loại hình thực hiện theo quy định tại công văn số 2765/TCHQ-GSQL ngày 01/4/2015 của Tổng cục Hải quan.

Theo đó, trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa để tiêu dùng, hàng kinh doanh thương mại đơn thuần; nhập kinh doanh nguyên liệu đầu vào cho hoạt động sản xuất (trừ GC, SXXK, DNCX và doanh nghiệp trong khu phi thuế quan); hàng nhập khẩu đầu tư miễn thuế, đầu tư nộp thuế làm thủ tục tại Chi cục Hải quan khác Chi cục Hải quan cửa khẩu; doanh nghiệp nội địa nhập kinh doanh hàng hóa từ khu phi thuế quan, DNCX hoặc nhập kinh doanh tại chỗ thì sử dụng loại hình A12-nhập kinh doanh sản xuất (hàng hóa làm thủ tục tại Chi cục Hải quan khác Chi cục Hải quan cửa khẩu). Khi doanh nghiệp xuất khẩu hàng hóa kinh doanh thương mại đơn thuần ra nước ngoài hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan, DNCX theo hợp đồng mua bán và trường hợp thực hiện quyền kinh doanh xuất khẩu của doanh nghiệp đầu tư nước ngoài (bao gồm cả quyền kinh doanh của DNCX) thì sử dụng loại hình B11 - xuất kinh doanh.

Trường hợp doanh nghiệp xuất khẩu, nhập khẩu theo loại hình SXXK thì khi nhập khẩu khai báo loại hình E31, khi xuất khẩu khai báo loại hình E62, việc áp dụng chính sách thuế thực hiện theo quy định của pháp luật có liên quan.

Như vậy, việc xác định loại hình xuất nhập khẩu, doanh nghiệp căn cứ vào mục đích xuất nhập khẩu, mục đích sử dụng hàng hóa để lựa chọn loại hình cho phù hợp. Theo đó, Công ty TNHH Lâm Nghiệp đã mở tờ khai nhập khẩu hàng hóa theo đúng quy định của pháp luật hải quan.

2. Về thẩm quyền hoàn thuế GTGT

Căn cứ Điều 22 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính quy định việc tổ chức thu thuế GTGT như sau: “Cơ quan Thuế chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế giá trị gia tăng và hoàn thuế GTGT đối với cơ sở kinh doanh; Cơ quan Hải quan chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu”.

Căn cứ khoản 64, khoản 65 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ Tài chính;

Căn cứ Thông tư số 99/2016/TT-BTC ngày 29/6/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý hoàn thuế GTGT.

Theo đó, cơ quan hải quan chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu, hoàn thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu.

Trường hợp Công ty TNHH Lâm Nghiệp làm thủ tục nhập khẩu theo loại hình kinh doanh sản xuất, thực hiện xuất khẩu theo loại hình xuất kinh doanh, không phát sinh tiền thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu.

Do đó, cơ quan hải quan không có thẩm quyền hoàn thuế GTGT đối với trường hợp của Công ty TNHH Lâm Nghiệp. Đề nghị Tổng cục Thuế hướng dẫn Cục Thuế tỉnh Lâm Đồng xử lý hoàn thuế GTGT đối với trường hợp của Công ty TNHH Lâm nghiệp.

Trân trọng cảm ơn sự phối hợp trong công tác của Quý Tổng cục./.