Bộ Tài chính (Vụ Chính sách Thuế) nhận được công văn số 1320/CV-XNK/2012 của Công ty TNHH Prime Asia Việt Nam (sau đây gọi tắt là Công ty) về chính sách thuế đối với nguyên phụ liệu nhập khẩu để sản xuất hàng gia công xuất khẩu. Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

- Về thuế nhập khẩu: Công ty bị ấn định thuế nhập khẩu theo quy định tại Thông tư số 194/2010/TT-BTC ngày 6/12/2010 của Bộ Tài chính. Số thuế nhập khẩu bị án định được hạch toán vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp.

- Về thuế giá trị gia tăng (GTGT): Công ty bị ấn định thuế GTGT tại khâu nhập khẩu đối với số lượng nguyên phụ liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu chênh lệch giữa tồn kho theo kiểm kê thực tế với hồ sơ khai báo cơ quan hải quan.

Tại khoản 6 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BCT ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

“Số thuế GTGT đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan được khấu trừ toàn bộ, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế".

Căn cứ vào hướng dẫn nêu trên, trường hợp Công ty đã nộp số thuế GTGT bị ấn định đối với lượng nguyên phụ liệu tồn kho phát sinh chênh lệch thừa so với hồ sơ hải quan tại thời điểm ngày 28/02/2014 theo Quyết định số 86/QĐ-KTSTQ ngày 11/4/2014 thì số thuế GTGT Công ty đã nộp được kê khai, khấu trừ nếu đáp ứng quy định về khấu trừ thuế GTGT tại điểm 1.3 Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 (từ ngày 01/03/2012 đến ngày 31/12/2013 là Điều 15 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012; từ ngày 01/01/2014 là Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013).

- Về việc xử phạt vi phạm hành chính: Trường hợp doanh nghiệp có khiếu nại về quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế trong lĩnh vực hải quan, đề nghị Công ty liên hệ với cơ quan ra quyết định xử phạt theo quy định của pháp luật về khiếu nại tố cáo và quản lý thuế.

Bộ Tài chính trả lời Công ty, Cục thuế và Cục hải quan để biết và thực hiện theo đúng quy định của pháp luật.