Kính gửi: Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh.

Tổng cục Hải quan nhận được công văn số 2539/HQHCM-NV ngày 24/8/2009 của Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh về việc vướng mắc hoàn thuế cho doanh nghiệp, Tổng cục Hải quan có ý kiến như sau:

Căn cứ Điều 47 Luật Quản lý Thuế số 78/2006/QH11 quy định: "Người nộp thuế có số tiền thuế đã nộp lớn hơn số tiền thuế phải nộp đối với từng loại thuế thì được trừ vào tiền thuế phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo hoặc được trả lại số tiền thuế nộp thừa".

Căn cứ Điều 22 Nghị định 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định: "Người nộp thuế có quyền yêu cầu cơ quan quản lý thuế giải quyết số tiền thuế nộp thừa bằng cách hoàn trả tiền thuế nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền phạt".

Đề nghị Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh kiểm tra lại hồ sơ gốc các chứng từ nộp thuế có liên quan đến các tờ khai nói trên của Công ty TNHH Long Sinh,... Nếu trong trường hợp Công ty TNHH Long Sinh còn số tiền thuế nộp thừa thuộc các tờ khai đăng ký vào thời điểm Thông tư 113/2005/TT-BTC và Thông tư 59/2007/TT-BTC có hiệu lực tức là chỉ hoàn thuế nộp thừa nếu sự nhầm lẫn đó xảy ra trong thời hạn 365 ngày trở về trước kể từ ngày kiểm tra phát hiện có sự nhầm lẫn thì cơ quan hải quan vẫn thực hiện hoàn tiền thuế nhập khẩu cho công ty, riêng tiền thuế GTGT mà công ty nộp thừa cơ quan hải quan chỉ xác nhận số tiền thuế nộp thừa để cơ quan thuế thực hiện hoàn trả theo quy định.

Tổng cục Hải quan thông báo để Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh được biết và thực hiện./.