Trả lời công văn số 02/2006 ngày 27/10/2006 của Công ty TNHH Quốc tế AN NA S.E.A, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Điểm 2, Mục I, Phần C Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 158/2003/NĐ-CP ngày 10/12/2003 của Chính phủ quy định chi Tiết thi hành Luật thuế giá trị gia tăng và Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật thuế giá trị gia tăng quy định:

"Cơ sở hoạt động sản xuất, kinh doanh có trụ sở chính ở một địa phương (tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) nhưng có cơ sở hạch toán phụ thuộc, như Công ty, nhà máy, xí nghiệp, chi nhánh, cửa hàng trực tiếp bán hàng ở một địa phương khác thì cơ sở kinh doanh phải đăng ký nộp thuế với cơ quan thuế nơi đóng trụ sở, các cơ sở hạch toán phụ thuộc cũng phải đăng ký nộp thuế GTGT với cơ quan thuế địa phương nơi cơ sở phụ thuộc đóng trụ sở".

Tại Điểm 5.6, Mục IV, Phần B Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ Tài chính quy định:

"5.6/ Các cơ sở sản xuất, kinh doanh xuất Điều chuyển hàng hóa cho các cơ sở hạch toán phụ thuộc như các chi nhánh, cửa hàng… ở khác địa phương (tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) để bán hoặc xuất Điều chuyển giữa các chi nhánh, đơn vị phụ thuộc với nhau; xuất trả hàng từ đơn vị hạch toán phụ thuộc về cơ sở kinh doanh; xuất hàng hóa cho các cơ sở nhận làm đại lý bán đúng giá, hưởng hoa hồng căn cứ vào phương thức tổ chức kinh doanh và hạch toán kế toán, cơ sở có thể lựa chọn một trong hai cách sử dụng hóa đơn, chứng từ như sau:

- Sử dụng hóa đơn GTGT để làm căn cứ thanh toán và kê khai nộp thuế GTGT ở từng đơn vị và từng khâu độc lập với nhau.

- Sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ do Bộ Tài chính (Tổng cục Thuế) phát hành kèm theo Lệnh Điều động nội bộ đối với hàng hóa Điều chuyển nội bộ; sử dụng Phiếu xuất kho hàng gửi bán đại lý do Bộ Tài chính (Tổng cục Thuế) phát hành đối với hàng hóa xuất cho cơ sở làm đại lý kèm theo Lệnh Điều động nội bộ".

Căn cứ vào hướng dẫn nêu trên, trạm thu mua là cơ sở hạch toán phụ thuộc của Công ty ở Phú Yên nên phải đăng ký thuế GTGT tại Phú Yên. Khi trạm thu mua này xuất Điều chuyển hàng hóa về trụ sở Công ty ở thành phố Hồ Chí Minh thì có thể lựa chọn một trong hai cách sử dụng hóa đơn nêu trên và phải đăng ký với cơ quan thuế tại Phú Yên.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty được biết và thực hiện./.