Tổng cục Thuế nhận được ý kiến của một số đơn vị đề nghị hướng dẫn về thuế áp dụng đối với các nhà thầu tham gia thực hiện công trình xây dựng cải tạo, khôi phục Quốc lộ 1 và Quốc lộ 5. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế hướng dẫn như sau:

1. Về thuế giá trị gia tăng (GTGT):

Căn cứ quy định của Luật thuế GTGT số 02/1997/QH9 ngày 10/5/1997, Thông tư số 89/1998/TT-BTC ngày 27/6/1998, Thông tư số 122/2000/TT-BTC ngày 29/12/2000 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 79/2000/NĐ-CP ngày 29/12/2000 của Chính phủ quy định chi Tiết thi hành Luật thuế GTGT, công văn số 966 TC/TCT ngày 3/3/1999 của Bộ Tài chính hướng dẫn về ưu đãi thuế thì các quyết định về miễn thuế, giảm thuế doanh thu không còn hiệu lực thi hành. Do đó, kể từ ngày 1/1/1999, quy định về miễn thuế doanh thu tại Quyết định số 360 TC/TCT/QĐ ngày 29/4/1995 và Quyết định số 661 TC/QĐ/TCT ngày 26/7/1996 của Bộ trưởng Bộ Tài chính áp dụng đối với các nhà thầu tham gia thực hiện công trình xây dựng cải tạo, khôi phục Quốc lộ 1 và Quốc lộ 5 không còn hiệu lực thi hành.

Các nhà thầu tham gia thực hiện công trình xây dựng cải tạo, khôi phục Quốc lộ 1 và Quốc lộ 5 thực hiện kê khai, nộp thuế, hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Thông tư số 89/1998/TT-BTC ngày 27/6/1998, Thông tư số 122/2000/TT-BTC ngày 19/12/2000, Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 và Thông tư số 41/2002/TT-BTC ngày 3/5/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện chính sách thuế đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức ODA.

2. Về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN):

Căn cứ quy định của Luật thuế TNDN số 03/1997/QH9 ngày 10/5/1997, Luật thuế TNDN số 09/2003/QH11 ngày 17/6/2003, Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ, Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003, Thông tư số 88/2004/TT-BTC ngày 1/9/2004, Thông tư số 05/2005/TT-BTC ngày 11/1/2005 của Bộ Tài chính đã hướng dẫn thống nhất việc áp dụng thuế TNDN theo quy định của Luật thuế TNDN. Từ ngày 1/1/2004, các văn bản hướng dẫn về thuế TNDN trái với quy định của Luật thuế TNDN số 09/2003/QH11 đều bị bãi bỏ.

Vì vậy, quy định tại Quyết định số 360 TC/TCT/QĐ ngày 29/4/1995, Quyết định số 661 TC/QĐ/TCT ngày 26/7/1996 của Bộ trưởng Bộ Tài chính và công văn số 966 TC/TCT ngày 3/3/1999 của Bộ Tài chính về việc giảm thuế lợi tức đối với hoạt động xây dựng công trình cải tạo, khôi phục đường Quốc lộ 1 và Quốc lộ 5 đã không còn hiệu lực thi hành. Do đó, kể từ ngày 1/1/2004, các nhà thầu tham gia xây dựng công trình cải tạo, khôi phục Quốc lộ 1 và Quốc lộ 5, thực hiện kê khai, nộp thuế TNDN theo quy định tại Thông tư số 128/2003/TT-BTC, Thông tư số 169/1998/TT-BTC và Thông tư số 05/2005/TT-BTC ngày 29/4/1995 và Quyết định số 661 TC/QĐ/TCT nêu trên. Đối với những nhà thầu đã thực hiện giảm thuế TNDN thì phải truy nộp số thuế TNDN đã giảm.

Trường hợp các nhà thầu được hưởng các ưu đãi miễn, giảm thuế TNDN theo quy định của Luật thuế TNDN số 09/2003/QH11 thì vẫn được áp dụng miễn, giảm thuế TNDN theo quy định của Luật thuế TNDN số 09/2003/QH11.

Tổng cục Thuế thông báo và đề nghị các Bộ, ngành chỉ đạo các đơn vị quản lý và thực hiện các dự án cải tạo, khôi phục Quốc lộ 1 và Quốc lộ 5 thực hiện. Các Cục Thuế có trách nhiệm kiểm tra và hướng dẫn các nhà thầu, Ban quản lý dự án thực hiện.