Kính gửi: Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương

Ngày 29/6/2016 Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT), có hiệu lực thi hành kể từ ngày 13/8/2016. Tổng cục Thuế đề nghị các Cục Thuế tổ chức quán triệt, phổ biến đầy đủ các nội dung của Thông tư tới các bộ phận, từng cán bộ có liên quan và tuyên truyền tới NNT trên địa bàn quản lý các nội dung mới của Thông tư số 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về quản lý hoàn thuế GTGT, cụ thể như sau:

I. Những Điểm mới của Thông tư hướng dẫn về quản lý hoàn thuế GTGT

1. Phạm vi Điều chỉnh (Điều 1)

- Việc quản lý hoàn thuế GTGT của người nộp thuế (NNT) bao gồm: tiếp nhận, giải quyết, kiểm tra, thanh tra hoàn thuế GTGT; quản lý kinh phí dự toán hoàn thuế GTGT; trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan trong việc quản lý hoàn thuế GTGT.

- Việc thực hiện hoàn thuế cho hàng hóa của người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang theo khi xuất cảnh thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 72/2014/TT-BTC ngày 30/5/2014 của Bộ Tài chính và quy trình ban hành kèm theo Quyết định số 750/QĐ-TCT ngày 20/4/2015 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế. Nguồn kinh phí thanh toán thuế GTGT đã hoàn trả, được trích cho ngân hàng ủy nhiệm được thực hiện theo quy định tại Thông tư này.

- Việc hoàn trả số tiền thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa không thuộc phạm vi Điều chỉnh của Thông tư này, cụ thể: Thuế GTGT nội địa nộp nhầm, nộp thừa, cơ quan thuế nơi hạch toán Khoản thu thực hiện hoàn trả theo quy định tại Điều 33 Thông tư 156/2013/TT-BTC; thuế GTGT nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa, cơ quan hải quan thực hiện hoàn trả theo quy định tại Điều 26 Thông tư số 128/2013/TT-BTC ngày 10/9/2013. Nguồn kinh phí hoàn trả thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa được thực hiện từ ngân sách nhà nước.

Trước đây: việc quản lý hoàn thuế GTGT của NNT được quy định tại Luật, Nghị định, Thông tư hướng dẫn Luật quản lý thuế, Thông tư hướng dẫn về thuế GTGT, Thông tư số 150/2013/TT-BTC ngày 29/10/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về lập, quản lý và thực hiện hoàn thuế từ Quỹ hoàn thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thi hành của Bộ Tài chính. Nay đưa vào nội dung hướng dẫn tại Thông tư này các quy định đối với hoàn thuế GTGT để đảm bảo tính tập trung, đầy đủ và có hệ thống.

2. Nguyên tắc quản lý hoàn thuế GTGT (Điều 3)

- Thông tư không quy định mới, chỉ dẫn chiếu các quy định riêng về trường hợp được hoàn thuế, Điều kiện hoàn thuế, việc tiếp nhận và giải quyết hoàn thuế đối với thuế GTGT đã được quy định tại Luật thuế GTGT và Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành Luật để đảm bảo tính đầy đủ, thống nhất.

- Thông tư làm rõ nguyên tắc áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế GTGT.

- Thông tư làm rõ Mục tiêu ứng dụng công nghệ thông tin và giao dịch điện tử trong việc tiếp nhận, giải quyết, quản lý hoàn thuế GTGT giữa cơ quan thuế với NNT và thực hiện kết nối, trao đổi thông tin với các cơ quan có liên quan trong việc giải quyết hoàn thuế GTGT.

Trước đây: quy định về hoàn thuế GTGT và áp dụng quản lý rủi ro trong việc giải quyết hoàn thuế GTGT được quy định tại Luật, Nghị định, Thông tư, các công văn hướng dẫn của Bộ Tài chính, nay đưa nguyên tắc chung vào nội dung Thông tư để thống nhất thực hiện.

3. Kinh phí hoàn thuế GTGT (Điều 4)

Kinh phí hoàn thuế GTGT được bố trí trong dự toán ngân sách hàng năm do Quốc hội quyết định và do Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế quản lý, Điều hành chi hoàn thuế GTGT trong phạm vi dự toán ngân sách được giao. Cục trưởng Cục Thuế quản lý, sử dụng kinh phí hoàn thuế GTGT để chi hoàn cho NNT theo thẩm quyền và chịu trách nhiệm về việc ra quyết định hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

Trước đây: Thông tư số 150/2013/TT-BTC ngày 29/3/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về lập, quản lý và việc thực hiện hoàn thuế từ Quỹ hoàn thuế GTGT, theo đó, dự toán hoàn thuế GTGT được giao cho Cục trưởng Cục Thuế quản lý và chi hoàn thuế trong phạm vi dự toán, nay Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế quản lý, Điều hành dự toán hoàn thuế tập trung tại Tổng cục Thuế nhưng vẫn trong phạm vi dự toán được giao.

4. Cơ sở dữ liệu và ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý hoàn thuế GTGT (Điều 5)

Cơ sở dữ liệu hoàn thuế GTGT là hệ thống dữ liệu thông tin về NNT thuộc đối tượng hoàn thuế GTGT, là một cấu phần trong hệ thống cơ sở dữ liệu quản lý thuế chung của ngành thuế.

Trước đây: chỉ có hệ thống cơ sở dữ liệu quản lý thuế chung của ngành thuế, chưa có cơ sở dữ liệu phục vụ riêng cho việc hoàn thuế GTGT.

5. Áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế GTGT (Điều 6)

Thông tư làm rõ nguyên tắc quản lý rủi ro trong việc giải quyết hoàn thuế GTGT được thực hiện theo quy định tại Khoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13; Khoản 2 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật thuế GTGT, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 (sau đây gọi là Luật số 106/2016/QH13); Thông tư số 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015 của Bộ Tài chính về áp dụng rủi ro trong nghiệp vụ quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Trước đây: Thông tư 204/2015/TT-BTC đã có hiệu lực thi hành nhưng chưa có quy định cụ thể để thực hiện. Nay Luật số 106/2016/QH13 quy định có tính pháp lý cao hơn, cụ thể hơn về áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT (Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13 quy định áp dụng quản lý rủi ro nói chung).

6. Áp dụng biện pháp nghiệp vụ hải quan đối với một số trường hợp rủi ro cao về thuế (Điều 7)

- Quy định rõ việc cơ quan thuế tra cứu, căn cứ thông tin trên Tờ khai hải quan để giải quyết hoàn thuế GTGT. Cơ quan hải quan chịu trách nhiệm về tính đầy đủ, chính xác, phân luồng kiểm tra hải quan theo quy định của Luật hải quan.

- Bổ sung hướng dẫn: Trên cơ sở kết quả phân tích, đánh giá rủi ro, yêu cầu về quản lý hoàn thuế GTGT hoặc qua kiểm tra, phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, hải quan, cơ quan thuế có trách nhiệm cung cấp thông tin vi phạm của NNT cho cơ quan hải quan để thực hiện việc kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định. Tổng cục Hải quan có trách nhiệm: trên cơ sở đề nghị của Tổng cục Thuế, bổ sung bộ tiêu chí, chỉ số phân loại rủi ro để chỉ đạo cơ quan hải quan các cấp thực hiện thống nhất, tự động.

Trước đây: việc quy định phân luồng kiểm tra hàng hóa xuất khẩu qua biên giới đất liền được thực hiện theo các công văn hướng dẫn của Bộ Tài chính.

7. Áp dụng biện pháp nghiệp vụ quản lý hoàn thuế đối với một số trường hợp rủi ro cao về thuế (Điều 8)

Bổ sung hướng dẫn:

- Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện NNT mua hàng hóa, dịch vụ của NNT khác (bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ) có hành vi trốn thuế, gian lận thuế, cơ quan thuế phải bổ sung kế hoạch kiểm tra, thanh tra bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ; hoặc đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ bổ sung kế hoạch và thực hiện kiểm tra, thanh tra hoặc cung cấp thông tin về việc chấp hành pháp luật thuế của bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ để có căn cứ giải quyết hoàn thuế.

- Trường hợp NNT có giao dịch thanh toán liên quan đến tổ chức, cá nhân có giao dịch đáng ngờ theo danh sách cảnh báo của cơ quan thanh tra, giám sát ngân hàng; hoặc qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện NNT có chứng từ thanh toán qua ngân hàng có nội dung chưa đầy đủ, chưa đúng quy định thì cơ quan thuế được yêu cầu các cơ quan, tổ chức có liên quan cung cấp để có căn cứ giải quyết hoàn thuế GTGT.

- Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện NNT có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế theo quy định của pháp luật về thuế và có dấu hiệu tội phạm, cơ quan thuế chuyển hồ sơ cho cơ quan công an để xử lý theo quy định của Bộ Luật tố tụng hình sự.

Trước đây, các nội dung này thực hiện theo các công văn hướng dẫn của Bộ Tài chính.

8. Trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT (Điều 9)

Quy định rõ thẩm quyền tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT bao gồm 2 mô hình phân cấp, cụ thể:

- Đối với 4 tỉnh, thành phố (Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh, Bình Dương, Đồng Nai):

+ Cơ quan thuế quản lý trực tiếp NNT (Cục Thuế, Chi cục Thuế) thực hiện: phân loại hồ sơ hoàn thuế; xác định số thuế GTGT được hoàn của NNT; xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt, tiền chậm nộp phải bù trừ với số thuế GTGT được hoàn của NNT; đề xuất số tiền được hoàn thuế. Riêng Chi cục Thuế, sau khi hoàn thành các công việc nêu trên, chuyển hồ sơ về Cục Thuế.

+ Cục Thuế thực hiện thẩm định hồ sơ hoàn thuế, ban hành quyết định hoàn thuế, thực hiện chi hoàn thuế cho NNT.

- Đối với 59 tỉnh, thành phố còn lại: Cục Thuế có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế cho NNT bao gồm cả NNT do Chi cục Thuế quản lý trực tiếp.

Trước đây: thẩm quyền tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế cho NNT được thực hiện theo quy định tại Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC.

9. Lập và gửi hồ sơ hoàn thuế (Điều 10)

- Bổ sung: Chi nhánh, đơn vị phụ thuộc của NNT theo quy định tại Khoản 1 Điều 45 Luật Doanh nghiệp số 68/2014/QH13 và không phải là đơn vị kế toán lập báo cáo tài chính theo quy định tại Khoản 4 Điều 3 Luật Kế toán số 88/2015/QH13, khi đề nghị hoàn thuế GTGT phải có văn bản ủy quyền của doanh nghiệp trụ sở chính theo quy định của pháp luật về ủy quyền.

Trước đây: hướng dẫn chi nhánh khi thực hiện hoàn thuế GTGT phải có văn bản ủy quyền của doanh nghiệp trụ sở chính được quy định tại công văn số 18832/BTC-TCT ngày 17/12/2015 của Bộ Tài chính.

- Bổ sung: NNT đã gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế nhưng sau đó có văn bản hủy đề nghị hoàn thuế thì NNT được khai Điều chỉnh, bổ sung số thuế đề nghị hoàn chuyển khấu trừ tiếp vào tờ khai thuế GTGT của kỳ kê khai tiếp theo nếu đáp ứng đủ Điều kiện khấu trừ thuế GTGT.

Trước đây: chưa có quy định này.

10. Tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế (Điều 11)

Bổ sung hướng dẫn đối với việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử.

Trước đây: được quy định tại Thông tư số 110/2015/TT-BTC nhưng chưa cụ thể.

11. Phân loại hồ sơ hoàn thuế (Điều 11)

Bổ sung các quy định về phân loại hồ sơ hoàn thuế theo quy định của Luật số 106/2016/QH13 và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Trước đây: Việc phân loại hồ sơ hoàn thuế được quy định tại Khoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13 và được hướng dẫn tại Khoản 14 Điều 2 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính.

12. Xác định số thuế GTGT được hoàn của NNT (Điều 13)

- Làm rõ căn cứ xác định số thuế GTGT được hoàn của NNT trong trường hợp hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau hoặc kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

Trước đây: quy định này được hướng dẫn tại quy trình hoàn thuế theo Quyết định 905/QĐ-TCT của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế.

- Bổ sung hướng dẫn đối với hồ sơ đang trong quá trình giải quyết hoàn thuế mà cơ quan thuế qua công tác kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật và đã chuyển hồ sơ cho cơ quan Điều tra hoặc bị cơ quan nhà nước có thẩm quyền thu giữ sổ sách kế toán, hóa đơn chứng từ liên quan đến số thuế đề nghị hoàn thì cơ quan thuế phải thông báo cho NNT về việc hồ sơ chưa đủ Điều kiện hoàn thuế và chỉ giải quyết hoàn thuế khi có kết quả Điều tra hoặc có đủ hồ sơ theo quy định

Trước đây: quy định này được hướng dẫn tại một số văn bản của Bộ Tài chính.

13. Xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ được bù trừ với số tiền thuế GTGT được hoàn (Điều 14)

- Bổ sung hướng dẫn bù trừ số tiền thuế nợ của NNT với số tiền thuế mà NNT còn nợ Ngân sách nhà nước theo văn bản đề nghị của cơ quan, tổ chức có thẩm quyền theo quy định của pháp luật.

Trước đây: Thông tư 156/2013/TT-BTC chỉ quy định bù trừ số thuế được hoàn với số tiền thuế nợ của NNT do cơ quan thuế, cơ quan hải quan quản lý, chưa có quy định bù trừ với số nợ ngân sách nhà nước do cơ quan nhà nước khác quản lý.

- Bổ sung hướng dẫn sau khi thực hiện bù trừ số tiền thuế nợ với số thuế được hoàn, NNT là doanh nghiệp trụ sở chính có số thuế được hoàn trả nhưng có chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số tiền thuế nợ quá hạn trên 90 ngày do cơ quan quản lý trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế thì phải tiếp tục thực hiện bù trừ. Trường hợp chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số thuế còn được hoàn thì phải thực hiện bù trừ với số tiền thuế nợ quá hạn trên 90 ngày của doanh nghiệp trụ sở chính.

Trước đây: quy định về việc người NNT có số thuế được hoàn phải thực hiện bù trừ với số thuế phải nộp và số thuế nợ giữa trụ sở chính và các chi nhánh hạch toán phụ thuộc và ngược lại được quy định tại văn bản của Bộ Tài chính.

- Bổ sung hướng dẫn: cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế có trách nhiệm tra cứu nợ trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế tập trung (TMS) để thực hiện bù trừ; cơ quan thuế quản lý trực tiếp NNT phải chịu trách nhiệm về số tiền thuế nợ trên TMS.

Trước đây: NNT khi đề nghị hoàn thuế phải lập bảng kê số thuế phải nộp, số thuế nợ để bù trừ với số tiền thuế được hoàn.

- Bổ sung hướng dẫn NNT có văn bản đề nghị cơ quan thuế trích số tiền thuế được hoàn nộp thay tiền thuế nợ cho NNT khác thì cơ quan thuế xác định số tiền thuế được hoàn bù trừ với số tiền thuế nợ của NNT khác.

Trước đây: chưa có quy định này.

14. Đề xuất hoàn thuế GTGT (Điều 15)

Bổ sung quy định về việc lập đề xuất hoàn thuế GTGT và việc kiểm tra, cập nhật hồ sơ liên quan đến giải quyết hoàn thuế GTGT trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế TMS.

Trước đây: quy định lập đề xuất hoàn thuế được hướng dẫn tại quy trình hoàn thuế theo Quyết định 905/QĐ-TCT của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế.

15. Thẩm định hồ sơ hoàn thuế GTGT (Điều 16)

Bổ sung quy định về việc thẩm định hồ sơ hoàn thuế GTGT: hồ sơ thẩm định, trách nhiệm của bộ phận thẩm định và bộ phận lập đề xuất hoàn thuế GTGT; thời hạn thẩm định hoàn thuế (01 (một) ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau; 03 (ba) ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau kể từ thời Điểm tiếp nhận đầy đủ hồ sơ đề nghị thẩm định).

Trước đây: quy định về thẩm định hồ sơ hoàn thuế được hướng dẫn tại quy trình hoàn thuế theo Quyết định 905/QĐ-TCT của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế.

16. Giám sát hồ sơ hoàn thuế (Điều 17)

Bổ sung hướng dẫn: Tổng cục Thuế xây dựng và thực hiện giám sát tự động việc giải quyết hoàn thuế GTGT.

Trước đây: Tổng cục Thuế thực hiện giám sát hoàn thuế trực tiếp hồ sơ hoàn thuế GTGT theo công văn hướng dẫn của Bộ Tài chính.

17. Chi hoàn thuế cho NNT (Điều 19)

Bổ sung quy định: Kho bạc nhà nước thực hiện chi hoàn cho NNT chậm nhất 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày nhận được Lệnh hoàn trả Khoản thu ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ Khoản thu ngân sách nhà nước do cơ quan thuế chuyển đến.

Trước đây: chưa có hướng dẫn chi Tiết.

18. Công khai thông tin giải quyết hoàn thuế ( Điều 20)

Bổ sung hướng dẫn NNT thực hiện hoàn thuế điện tử được tra cứu thông tin về việc giải quyết hoàn thuế của cơ quan Thuế và cơ quan Thuế công khai trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế về thời Điểm tiếp nhận hồ sơ, thời Điểm tiếp nhận văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của NNT, thời Điểm ban hành thông báo, quyết định giải quyết hoàn thuế của cơ quan thuế.

Trước đây: chưa có quy định này.

19. Kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đối với NNT ( Điều 21)

Làm rõ trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc lập kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế và thực hiện kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đối với NNT.

Trước đây: Khoản 18 Điều 1 Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13 chỉ quy định về đối tượng phải thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế, chưa quy định rõ trách nhiệm của cơ quan thuế.

20. Lập dự toán kinh phí hoàn thuế GTGT ( Điều 22)

Bổ sung căn cứ hướng dẫn về lập dự toán hoàn thuế GTGT được thực hiện theo quy định của Luật Thuế GTGT, Luật Quản lý thuế, Luật Ngân sách nhà nước. Giao trách nhiệm lập dự toán hoàn thuế GTGT tại từng địa phương cho Cục trưởng Cục Thuế và Tổng cục Thuế có trách nhiệm lập dự toán hoàn thuế GTGT trên phạm vi toàn quốc.

Sửa đổi quy định về việc Tổng cục Thuế thực hiện báo cáo Bộ Tài chính trong trường hợp phát sinh số thuế GTGT phải hoàn vượt nguồn kinh phí đã được bố trí trong dự toán được duyệt.

Trước đây: Thông tư số 150/2013/TT-BTC quy định: dự toán kinh phí hoàn thuế GTGT lập cùng với dự toán ngân sách nhà nước hàng năm theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước, Vụ ngân sách nhà nước có trách nhiệm chủ trì phối hợp với Tổng cục Thuế trình Bộ trưởng Bộ Tài chính nếu phát sinh số thuế GTGT phải hoàn vượt dự toán.

21. Quản lý, Điều hành nguồn kinh phí hoàn thuế GTGT ( Điều 23)

Quy định rõ trách nhiệm của Tổng cục Thuế trong quản lý, Điều hành nguồn kinh phí hoàn thuế GTGT trên phạm vi toàn quốc, không thực hiện phân bổ hạn mức sử dụng cho từng tỉnh, thành phố; bỏ quy định về việc Cục Thuế thực hiện kiểm soát hoàn thuế theo hạn mức quỹ hoàn thuế được giao; bổ sung hướng dẫn về việc tổ chức công tác dự báo, cập nhật thông tin, báo cáo về việc sử dụng kinh phí hoàn thuế GTGT trên cơ sở hệ thống thông tin quản lý thuế thống nhất toàn quốc.

Trước đây: Thông tư số 150/2013/TT-BTC quy định: Tổng cục Thuế thực hiện phân bổ và thông báo hạn mức sử dụng quỹ hoàn thuế cả năm (có chia ra từng quý) cho Cục Thuế và Kho bạc nhà nước thực hiện. Cục Thuế có trách nhiệm phối hợp với Kho bạc nhà nước tổng hợp, báo cáo tình hình sử dụng quỹ hoàn thuế và kết quả chi hoàn về Tổng cục Thuế để báo cáo Bộ trưởng Bộ Tài chính đồng gửi các đơn vị liên quan, thực hiện kiểm soát chi hoàn trong phạm vi hạn mức được giao cho địa phương.

22. Hạch toán kế toán hoàn thuế GTGT tại Kho bạc nhà nước ( Điều 24)

Quy định về việc thực hiện hạch toán, kế toán tại Kho bạc nhà nước theo quy định của kế toán ngân sách nhà nước hiện hành, bỏ quy định kiểm soát chi hoàn trong phạm vi hạn mức quỹ hoàn thuế GTGT đã được phân bổ cho từng Cục Thuế. Bổ sung quy định Kho bạc nhà nước đối chiếu, xác nhận báo cáo kế toán hoàn thuế GTGT; định kỳ cung cấp số liệu về tình hình thực hiện chi hoàn thuế của từng Cục Thuế và trên toàn quốc cho Tổng cục Thuế.

Trước đây: Thông tư số 150/2013/TT-BTC quy định: Kho bạc nhà nước tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, thực hiện kiểm soát chi và thực hiện thủ tục chi hoàn thuế GTGT cho đối tượng được hưởng trong phạm vi hạn mức quỹ hoàn thuế GTGT được sử dụng, Kho bạc nhà nước tạm dừng chi trả và thông báo tới cơ quan thuế cùng cấp trong trường hợp chi vượt hạn mức được thông báo.

23. Hạch toán thu hồi hoàn thuế GTGT ( Điều 25)

Hướng dẫn việc hạch toán số tiền thu hồi hoàn thuế GTGT, bổ sung quy định về việc Kho bạc nhà nước gửi bảng kê chứng từ thu hồi hoàn thuế đã hạch toán cho cơ quan thuế để thực hiện hạch toán kế toán thuế nội địa và xác nhận báo cáo kế toán thu hồi hoàn thuế cho cơ quan thuế; định kỳ Kho bạc nhà nước cung cấp số liệu về tình hình thực hiện thu hồi hoàn thuế của từng Cục Thuế và trên toàn quốc cho Tổng cục Thuế.

Trước đây: Chưa có hướng dẫn tại Thông tư. Để đảm bảo hướng dẫn kịp thời trong triển khai thực hiện Bộ Tài chính đã có công văn số 4120/BTC-TCT ngày 29/3/2016 về việc hạch toán thu hồi tiền hoàn thuế GTGT theo Thông tư số 150/2013/TT-BTC.

24. Quyết toán nguồn kinh phí hoàn thuế GTGT (Điều 26)

Hướng dẫn việc quyết toán nguồn kinh phí hoàn thuế GTGT theo dự toán đã được Quốc hội phê duyệt và quy định về trách nhiệm của Tổng cục Thuế trong việc tổ chức công tác kế toán hoàn thuế GTGT, quyết toán việc sử dụng kinh phí hoàn thuế GTGT có xác nhận của Kho bạc nhà nước và Vụ Ngân sách nhà nước.

Trước đây: chưa có hướng dẫn cụ thể về việc quyết toán việc sử dụng kinh phí hoàn thuế GTGT.

25. Trách nhiệm của cơ quan thuế (Điều 27)

Bổ sung hướng dẫn trách nhiệm của cơ quan thuế:

- Xây dựng cơ sở dữ liệu và ứng dụng công nghệ thông tin để thực hiện hoàn thuế điện tử, áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT, hỗ trợ NNT tra cứu thông tin về tiến độ giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT của cơ quan thuế trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Trước đây: chưa có quy định.

- Lập dự toán kinh phí hoàn thuế GTGT, quản lý dự toán và chi hoàn thuế GTGT trong phạm vi dự toán hoàn thuế GTGT đã được phê duyệt, thực hiện quyết toán chi hoàn thuế GTGT, thu hồi hoàn thuế GTGT đảm bảo an toàn, chặt chẽ tiền của ngân sách nhà nước và theo đúng quy định của pháp luật.

Trước đây: có quy định về việc lập dự toán hoàn thuế GTGT nhưng chưa có quy định về việc quyết toán chi hoàn thuế, thu hồi hoàn thuế GTGT nên chưa đảm bảo tính đầy đủ.

26. Trách nhiệm của Vụ Ngân sách nhà nước (Điều 29)

Bổ sung quy định về việc phối hợp quyết toán kinh phí hoàn thuế GTGT và chủ trì trình cơ quan có thẩm quyền trong trường hợp dự toán kinh phí hoàn thuế GTGT không đủ chi theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước.

Trước đây: Thông tư số 150/2013/TT-BTC quy định: Vụ Ngân sách nhà nước phối hợp với Tổng cục Thuế lập dự toán quỹ hoàn thuế, Điều hành dự toán và tổng hợp vào ngân sách nhà nước hàng năm. Trường hợp dự toán không đủ phối hợp với Tổng cục Thuế trình Bộ trưởng Bộ Tài chính.

27. Trách nhiệm của Kho bạc nhà nước (Điều 30)

Bổ sung quy định về công tác hạch toán chi hoàn thuế, thu hồi hoàn thuế GTGT và định kỳ xác nhận với cơ quan thuế theo quy định về kế toán ngân sách nhà nước; thực hiện chi hoàn thuế trong phạm vi dự toán kinh phí đã được duyệt và quyết toán kinh phí hoàn thuế GTGT theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước.

Trước đây: Thông tư số 150/2013/TT-BTC quy định: mở tài Khoản chi hoàn thuế để theo dõi và kiểm soát chi hoàn thuế GTGT; thực hiện kiểm tra, đối chiếu với cơ quan thuế định kỳ, xác nhận số thực chi cho các đối tượng được hoàn thuế trên địa bàn tỉnh, thành phố. Chưa hướng dẫn về hạch toán kế toán thu hồi hoàn thuế GTGT và quyết toán kinh phí hoàn thuế GTGT.

28. Hiệu lực thi hành

Bãi bỏ:

- Thông tư số 94/2010/TT-BTC ngày 30/6/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu;

- Quyết định số 2404/QĐ-BTC ngày 27/9/2012 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành Chế độ kiểm tra hoàn thuế GTGT thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau;

- Thông tư số 150/2013/TT-BTC ngày 29/10/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về lập, quản lý và thực hiện hoàn thuế từ Quỹ hoàn thuế GTGT.

II. Kế hoạch triển khai Thông tư

1. Kế hoạch tập huấn và triển khai Thông tư:

a) Tổng cục Thuế sẽ tổ chức tập huấn Thông tư cùng với việc tập huấn triển khai Luật số 106/2016/QH13, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP và Thông tư hướng dẫn, thời gian dự kiến cuối tháng 8/2016. Tổng cục Thuế sẽ có thông báo cụ thể sau.

b) Tổng cục Thuế đã có các văn bản hướng dẫn một số nội dung của Thông tư, bao gồm: công văn số 3416/TCT-KK ngày 01/8/2016 về việc phân công nhiệm vụ giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT theo quy định tại Thông tư số 99/2016/TT-BTC; công văn số 3526/TCT-KK ngày 09/8/2016 về việc đăng ký người sử dụng ứng dụng TMS trên toàn quốc phục vụ công tác hoàn thuế GTGT.

2. Kế hoạch nâng cấp ứng dụng công nghệ thông tin đáp ứng quy định của Thông tư

a) Phân quyền sử dụng các chức năng của Hệ thống ứng dụng quản lý thuế tập trung (TMS) đối với việc tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế của NNT do Chi cục Thuế trực tiếp quản lý.

- Phòng Tin học của Cục Thuế có trách nhiệm phân công cho các cán bộ thuộc các bộ phận của Cục Thuế (phòng Kê khai và Kế toán thuế, phòng Kiểm tra thuế) liên quan đến tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế của NNT do Chi cục Thuế trực tiếp quản lý được thực hiện các chức năng liên quan đến quy trình hoàn thuế trên TMS. Thời Điểm thực hiện từ ngày 29/8/2016 theo hướng dẫn nâng cấp ứng dụng TMS của Cục Công nghệ thông tin - Tổng cục Thuế.

- Riêng chức năng hạch toán Lệnh hoàn trả Khoản thu NSNN, Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN: Cục Thuế có văn bản gửi Tổng cục Thuế trước 29/8/2016 (Cục Công nghệ thông tin) về việc phân công cán bộ thực hiện công tác kế toán hoàn thuế GTGT thuộc phòng Kê khai và Kế toán thuế để Tổng cục Thuế thực hiện phân quyền trên TMS và thông báo cho Cục Thuế để thực hiện.

Trong khi chờ Tổng cục Thuế nâng cấp ứng dụng TMS, việc tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế của NNT do Chi cục thuế trực tiếp quản lý được thực hiện theo quy định nhưng tạm thời chưa nhập vào TMS. Tổng cục Thuế sẽ hướng dẫn nhập sau khi nâng cấp ứng dụng.

b) Đối với chức năng giám sát hoàn thuế tự động: Tổng cục Thuế sẽ nâng cấp ứng dụng TMS từ ngày 29/8/2016 và có thông báo cho Cục Thuế để thực hiện.

Trong khi chờ Tổng cục Thuế nâng cấp ứng dụng TMS, Cục trưởng Cục Thuế chịu trách nhiệm phân công giám sát hồ sơ hoàn thuế và chịu trách nhiệm về quyết định hoàn thuế theo đúng quy định của pháp luật.

c) Tổng cục Thuế dự kiến triển khai hoàn thuế điện tử, công khai việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tại 5 tỉnh/thành phố từ tháng 11/2016, tiếp tục mở rộng 8 tỉnh/thành phố từ tháng 12/2016 và trên phạm vi toàn quốc vào đầu năm 2017.

3. Một số công việc chuyển tiếp

a) Đối chiếu, quyết toán tài Khoản chi hoàn thuế GTGT theo dự toán

Cục Thuế chủ trì rà soát danh sách chi tiền hoàn thuế GTGT từ dự toán hoàn 2016 theo phụ lục 2 kèm theo công văn này, bao gồm:

- Quyết định hoàn thuế GTGT đã ban hành năm 2015, được chi hoàn năm 2015 bằng dự toán ứng trước 2016 và đã được Tổng cục Thuế thu hồi dự toán ứng trước 2016.

- Quyết định hoàn thuế GTGT đã ban hành năm 2015 được chi hoàn năm 2016 bằng dự toán năm 2016.

- Quyết định hoàn thuế GTGT đã ban hành năm 2016 được chi hoàn bằng dự toán năm 2016 hoặc chi từ số thu hồi hoàn thuế GTGT được giao.

Căn cứ danh sách, Cục Thuế đối chiếu, chốt số liệu đảm bảo khớp đúng với số đã chi hoàn của Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh (trường hợp hạch toán chi nhầm từ dự toán hoàn thuế GTGT, Cục Thuế và Kho bạc Nhà nước phải phối hợp Điều chỉnh) và lập báo cáo theo mẫu tại phụ lục 1 kèm theo công văn này, gửi Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh thực hiện đối chiếu, xác nhận số liệu (chi hoàn thuế GTGT từ dự toán hoàn thuế GTGT năm 2016, thu hồi hoàn thuế GTGT năm 2016 đã hạch toán giảm chi hoàn thuế GTGT, số dư dự toán hoàn thuế GTGT năm 2016) tính đến hết ngày 12/8/2016 (bao gồm cả việc Điều chỉnh các Khoản nộp nhầm tài Khoản, chi sai tài Khoản...). Hoàn thành báo cáo và gửi về Tổng cục Thuế chậm nhất ngày 31/8/2016 để thực hiện thu hồi số dư dự toán hoàn thuế GTGT năm 2016 đã được phân bổ cho các Cục Thuế về Tổng cục Thuế.

b) Kể từ ngày 15/8/2016 trở đi, việc chi hoàn thuế và thu hồi hoàn thuế đối với thuế GTGT được thực hiện từ “Tài Khoản 8993 - Chi hoàn thuế GTGT không kiểm soát dự toán” được mở tại Kho bạc nhà nước cấp tỉnh (Kho bạc Nhà nước có văn bản hướng dẫn hạch toán riêng), không chi từ “Tài Khoản 8991- Chi ngân sách khác bằng dự toán” như hiện nay.

c) Riêng Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ Khoản thu NSNN trong trường hợp cơ quan Thuế giải quyết hoàn thuế và bù trừ đối với số thuế còn phải nộp, còn nợ của NNT là chi nhánh khác MST:

- Cơ quan thuế lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ Khoản thu NSNN, trong đó tại cột “Nội dung Khoản thu NSNN” Mục 2 (Khấu trừ Khoản hoàn trả để thu NSNN) của Lệnh hoàn ghi thông tin: tên NNT, mã số thuế của NNT được bù trừ Khoản thu NSNN để Kho bạc Nhà nước có căn cứ hạch toán thu NSNN.

- Trong thời gian ứng dụng TMS chưa hỗ trợ lập Lệnh hoàn kiêm bù trừ Khoản thu NSNN khác mã số thuế của NNT được bù trừ, đối với trường hợp khác cơ quan thuế, cán bộ thuế tạm thời nhập đề xuất hoàn thuế nêu rõ số tiền đề nghị hoàn, số tiền đề nghị bù trừ, đồng thời nhập tab “thông tin nợ cơ quan khác” theo thông tin đề xuất bù trừ số tiền thuế còn nợ tại các cơ quan thuế (không có thông tin về mã số thuế của NNT được bù trừ). Sau khi Kho bạc Nhà nước hạch toán và chuyển lệnh hoàn kiêm bù trừ về Cơ quan thuế, Cơ quan thuế có NNT được hoàn thực hiện hạch toán Lệnh hoàn kiêm bù trừ (ký hiệu GD T3, Q4), Cơ quan thuế có NNT được bù trừ thực hiện hạch toán chứng từ thu ngân sách (chứng từ C2) để trừ nợ cho NNT.

đ) Trong khi chờ Tổng cục Thuế sửa đổi, bổ sung quy trình hoàn thuế đáp ứng nội dung của Thông tư 99/2016/TT-BTC, đồng chí Cục Trưởng Cục Thuế có trách nhiệm phân công trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT theo đúng quy định của Thông tư này và các văn bản hướng dẫn của Tổng cục Thuế.

e) Đối với các hồ sơ đã tiếp nhận trước ngày 13/8/2016 và Cục Thuế chưa ban hành Quyết định hoàn thuế được xử lý như sau:

- Các hồ sơ do Cơ quan Thuế tiếp nhận trước ngày 13/8/2016 thì Cơ quan Thuế tiếp tục giải quyết theo hướng dẫn tại Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC.

- Các hồ sơ đã gửi Tổng cục Thuế giám sát trước ngày 13/8/2016 thì thực hiện theo Thông báo kết quả giám sát hoàn thuế của Tổng cục Thuế. Trường hợp Tổng cục thuế đã có Thông báo hồ sơ không đủ Điều kiện ban hành Quyết định hoàn thuế thì Cục Thuế căn cứ ý kiến giám sát bổ sung hồ sơ gửi Tổng cục Thuế tiếp tục giám sát.

Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc, đề nghị các Cục Thuế kịp thời tổng hợp, phản ánh về Tổng cục Thuế để được nghiên cứu giải quyết.

Tổng cục Thuế thông báo để các Cục thuế biết, thực hiện./.