Trả lời văn thư số 01/03/VNCTM/2012 của Phân viện về chính sách thuế; Cục thuế TP có ý kiến như sau:

- Căn cứ điểm 4 phần B Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/20008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp(TNDN) có hiệu lực từ ngày 01/01/2009:

“Đơn vị sự nghiệp có phát sinh hoạt động kinh doanh hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (tương ứng với mức thuế suất 25%) sau khi đã thực hiện ưu đãi miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp (nếu có) mà các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không hạch toán và xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hoá, dịch vụ, cụ thể như sau:

- Đối với dịch vụ: 5%;

- Đối với kinh doanh hàng hoá: 1%;

- Đối với hoạt động khác: 2%”.

- Căn cứ điểm 2.2b mục III phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 24/12/2008 của Bộ tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng(GTGT)(có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2009 đến hết ngày 29/02/2012):

“Đối với cơ sở kinh doanh bán hàng hoá, dịch vụ có đầy đủ hoá đơn của hàng hoá, dịch vụ bán ra theo chế độ quy định hoặc có đủ điều kiện xác định được đúng doanh thu bán hàng hoá, dịch vụ như hợp đồng và chứng từ thanh toán nhưng không có đủ hoá đơn mua hàng hóa, dịch vụ đầu vào thì GTGT được xác định bằng doanh thu nhân (x) với tỷ lệ (%) GTGT tính trên doanh thu.

Tỷ lệ (%) giá trị gia tăng tính trên doanh thu làm căn cứ xác định giá trị gia tăng được quy định như sau:

- Thương mại (phân phối, cung cấp hàng hoá): 10%.

- Dịch vụ, xây dựng (trừ xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu): 50%.

- Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hoá, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 30%”.

- Căn cứ khoản 2b, Điều 13 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT (có hiệu lực thi hành từ ngày 01/03/2012):

“Đối với cơ sở kinh doanh (trừ các doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, hộ, cá nhân kinh doanh) bán hàng hoá, dịch vụ có đầy đủ hoá đơn của hàng hoá, dịch vụ bán ra theo chế độ quy định hoặc có đủ điều kiện xác định được đúng doanh thu bán hàng hoá, dịch vụ như hợp đồng và chứng từ thanh toán nhưng không có đủ hoá đơn mua hàng hóa, dịch vụ đầu vào thì GTGT được xác định bằng doanh thu nhân (x) với tỷ lệ (%) GTGT tính trên doanh thu.

Tỷ lệ (%) giá trị gia tăng tính trên doanh thu làm căn cứ xác định giá trị gia tăng được quy định như sau:

- Thương mại (phân phối, cung cấp hàng hoá): 10%.

- Dịch vụ, xây dựng (trừ xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu): 50%.

- Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hoá, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 30%”.

Về nguyên tắc phân viện là đơn vị sự nghiệp phải kê khai nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, thuế TNDN theo kê khai (áp dụng thuế suất 25% trên thu nhập chịu thuế). Trường hợp Phân viện có đầy đủ hoá đơn hàng hoá, dịch vụ bán ra, xác định đúng được doanh thu nhưng không đủ hoá đơn mua hàng hoá, dịch vụ đầu vào; không hạch toán và xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì Phân viện kê khai nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu (hoạt động cung cấp dịch vụ áp dụng tỷ lệ % GTGT tính trên doanh thu là 50%, thuế suất thuế GTGT là 10%; tỷ lệ % thuế TNDN trên doanh thu là 5%).

Cục Thuế TP thông báo Phân viện biết để thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này./.