Kính gửi: Tập đoàn Công nghiệp Than - Khoáng sản Việt Nam.
(Địa chỉ: 226 Lê Duẩn, Phường Trung Phụng, Quận Đống Đa, Hà Nội).

Trả lời kiến nghị 2.1 đối với thủ tục hoàn thuế GTGT trong công văn số 3128/TKV-KT ngày 07/06/2010 của Tập đoàn Công nghiệp Than-Khoáng sản Việt Nam về việc những vướng mắc về thuế và hải quan phục vụ Hội nghị đối thoại giữa Bộ Tài chính và doanh nghiệp, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

Tại tiết b, điểm 1.3, Khoản 1, Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC quy định về điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào:

“Hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa bán ra; bù trừ công nợ; thanh toán uỷ quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng mà các phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng; Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Khi kê khai hoá đơn thuế giá trị gia tăng đầu vào, cơ sở kinh doanh ghi rõ phương thức thanh toán được quy định cụ thể trong hợp đồng vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào.”

Căn cứ quy định trên, trường hợp đơn vị (chủ đầu tư) ký hợp đồng thi công với nhà thầu xây dựng, trong quá trình thực hiện hợp đồng, nhà thầu vi phạm hợp đồng và bị phạt tiền, khi thanh toán cho nhà thầu, chủ đầu tư khấu trừ khoản phạt trước khi chuyển trả tiền cho nhà thầu, nếu việc xử phạt vi phạm hợp đồng này được quy định trong hợp đồng và có biên bản xác nhận khoản tiền vi phạm hợp đồng kinh tế được bù trừ với số tiền chủ đầu tư phải thanh toán theo hợp đồng cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng và được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu đáp ứng các điều kiện theo quy định của pháp luật, phần giá trị còn lại có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên chỉ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.

Bộ Tài chính trả lời để Tập đoàn Công nghiệp Than - Khoáng sản Việt Nam được biết và thực hiện theo đúng qui định tại các văn bản qui phạm pháp luật ./.