Bộ lọc tìm kiếm

Tải văn bản

Lưu trữ Góp ý

  • Thuộc tính
  • Nội dung
  • Tiếng anh
  • Lược đồ

Goat-87bp-F gồm các cặp base 33 829 251-33 829 275, Goat-87bp-R gồm các cặp base 33 829 317-33 829 337 và Goat-87bp-P gồm các cặp base 33 829 284-33 829 312 của trình tự ADN nhiễm sắc thể 9 của dê, có mã số truy cập trong Ngân hàng gen là NC_030816.1. Có thể sử dụng thuốc nhuộm reporter và/hoặc thuốc nhuộm quencher tương tự nếu cho các kết quả tương đương hoặc tốt hơn.

6  Thiết bị, dụng cụ

Các yêu cầu liên quan đến thiết bị, dụng cụ và vật liệu phải tuân theo TCVN 13841 (ISO 20813). Ngoài các thiết bị thông thường của phòng thử nghiệm, cần có các thiết bị sau.

6.1  Máy chu trình nhiệt real-time

Thiết bị khuếch đại ADN in vitro và thực hiện các chu trình nhiệt độ-thời gian cần thiết cho PCR. Ngoài ra, thiết bị phải có khả năng kích thích các phân tử huỳnh quang ở các bước sóng quy định và phát hiện đủ ánh sáng huỳnh quang phát xạ của chất đánh dấu huỳnh quang được dùng đ thực hiện các phân tích định dạng TaqMan.

7  Cách tiến hành

7.1  Chuẩn bị phần mẫu thử/mẫu thử

Mẫu thử được sử dụng để chiết ADN phải đại diện cho mẫu phòng thử nghiệm và đồng nhất, ví dụ bằng cách nghiền hoặc đồng hóa mẫu phòng thử nghiệm thành hỗn hợp mịn. Chuẩn bị phần mẫu thử/mẫu thử cần tuân theo các yêu cầu chung và phương pháp cụ thể được nêu trong TCVN 7606 (ISO 21571) và TCVN 13841 (ISO 20813).

7.2  Chuẩn bị chất chiết ADN

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

7.3  Thiết lập PCR

7.3.1  Hỗn hợp phản ứng

Phương pháp này sử dụng tổng thể tích hỗn hợp phản ứng là 25 μL cho mỗi phản ứng PCR. Thiết lập thành phần phản ứng như trong Bảng 2. Thuốc thử phải được rã đông hoàn toàn ở nhiệt độ phòng. Mỗi loại thuốc thử phải được trộn cn thận và ly tâm trong thời gian ngắn ngay trước khi lấy bằng pipet. Hỗn hợp thuốc thử PCR được chuẩn bị có chứa tất cả các thành phần trừ ADN mẫu thử. Tổng lượng hỗn hợp thuốc thử PCR cần được chuẩn bị phụ thuộc vào số phản ứng cần thực hiện, bao gồm ít nhất một lượng được lấy bằng pipet để dự phòng cho phản ứng bổ sung, số lượng mẫu thử và các kiểm chứng lặp lại theo TCVN 13841 (ISO 20813). Thiết lập các phép thử PCR như sau:

a) trộn hỗn hợp thuốc thử PCR, ly tâm trong thời gian ngắn và dùng pipet lấy 20 μL cho vào mỗi lọ phản ứng;

b) thêm 5 μL từng ADN mẫu thử (từ 20 ng/μL đến 200 ng/μL) hoặc kiểm chứng dương ADN đích hoặc kiểm chứng chiết mẫu trắng hoặc nước vào các lọ phản ứng tương ứng;

c) trộn và ly tâm trong thời gian ngắn.

Bảng 2 - Thành phần phản ứng khuếch đại

Tổng thể tích phản ứng

25 μL

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

5 μL

2 × PCR master mixa

12,5 μL

Mồi Goat-87bp-F, c = 10 μmol/L và Goat-87bp-R, c = 10 μmol/L

1,0 μL cho từng mồi

Đoạn dò Goat-87bp-P, c = 10 μmol/L

0,5 μL

Nước

Đến 25 μL

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

7.3.2  Các kiểm chứng PCR

7.3.2.1  Yêu cầu chung

Các kiểm chứng PCR được nêu trong TCVN 7608 (ISO 24276) và TCVN 13841 (ISO 20813).

7.3.2.2  Kiểm chứng chất ức chế (phân tích gen tham chiếu)

Phải thực hiện phép phân tích PCR gen kiểm chứng tham chiếu (ví dụ: gen 18S rARN đối với sinh vật nhân thực, gen myostatin đối với động vật có vú và gia cầm) sử dụng các ADN mẫu thử để kiểm tra khả năng khuếch đại axit nucleic và đưa ra kiểm chứng đ loại các kết quả âm tính giả.

7.3.3  Cài đặt máy chu trình nhiệt real-time PCR

Chuyển các lọ phản ứng đã chuẩn bị vào máy chu trình nhiệt. Các lọ phải được sắp xếp để tránh mọi thay đổi nhiệt độ có thể xảy ra ở thành lọ liên quan đến máy chu trình nhiệt real-time cụ thể. Bật chương trình nhiệt độ-thời gian.

7.4  Chương trình nhiệt-độ thời gian

Chương trình nhiệt độ-thời gian nêu trong Bng 3 đã được sử dụng trong nghiên cứu xác nhận giá trị sử dụng. Việc sử dụng các điều kiện phản ứng và chu trình real-time PCR khác nhau cần được kiểm tra xác nhận. Thời gian biến tính ban đầu phụ thuộc vào master mix được sử dụng.

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

Bước

Thông số

Nhiệt độ

Thời gian

Đo huỳnh quang

Số chu trình

1

Biến tính ban đầu

95 °C

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

Không

1

2

Khuếch đại

Biến tính

95 °C

15 s

Không

45

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

60 °C

60s

8  Tiêu chí chấp nhận/từ chối

8.1  Yêu cầu chung

Cần sử dụng chương trình phân tích dữ liệu cụ thể đối với thiết bị real-time PCR tương ứng để xác định các sản phẩm PCR. Các kết quả khuếch đại có thể được biểu thị khác nhau, tùy thuộc vào thiết bị được sử dụng. Trong trường hợp không có sản phẩm PCR có thể phát hiện được (ví dụ: các kiểm chứng âm), kết quả phải được biểu thị là “không xác định”, “không khuếch đại” hoặc số chu kỳ phản ứng tối đa được thực hiện. Nếu xảy ra sự khuếch đại của trình tự đích ADN trong một mẫu thử (ví dụ: các kiểm chứng dương) thì có thể quan sát thấy đường cong khuếch đại hình chữ S (sigmoid-shaped).

Số chu kỳ được tính tại đim giao nhau của đường cong khuếch đại và ngưỡng huỳnh quang [chu kỳ ngưỡng (Ct) hoặc chu kỳ định lượng (Cq)].

Nếu dữ liệu đo huỳnh quang không điển hình thì việc diễn giải tự động không cho kết quả có nghĩa, có thể cần thiết lập thủ công đường nền và ngưỡng trước khi diễn giải dữ liệu. Trong trường hợp này, áp dụng các hướng dẫn cho thiết bị cụ thể được cung cấp cùng với phần mềm diễn giải.

8.2  Xác định

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

- các mồi đặc hiệu của dê Goat-87bp-F, Goat-87bp-R và đoạn dò Goat-87bp-P tạo thành đường cong khuếch đại hình chữ S và có thể tính được giá trị Ct hoặc giá trị Cq;

- các phản ứng kiểm chứng PCR không bổ sung ADN (kiểm chứng thuốc thử PCR, kiểm chứng chiết mẫu trắng) không tạo ra sự khuếch đại;

- các kiểm chứng khuếch đại (kiểm chứng dương ADN đích, kiểm chứng chất ức chế PCR) tạo ra sự khuếch đại và giá trị Ct (hoặc giá trị Cq) dự kiến.

Các phát hiện vết được xác định bằng PCR có giá trị Ct trễ hơn giá trị Ct xác định được tại LOD95 % đích. Trong trường hợp phát hiện vết hoặc thu được các kết quả dương tính/âm tính trái ngược nhau từ các chất chiết khác nhau của cùng một mẫu thử, mẫu đó phải được thử lại. Cần chuẩn bị ít nhất hai chất chiết mới từ mẫu phòng thử nghiệm đã được đồng nhất. Tiến hành phân tích PCR ít nhất 20 lần lặp lại trên các chất chiết mới (ví dụ: phân tích PCR mười lần lặp lại đối với hai ADN chiết được, phân tích PCR bảy lần lặp lại đối với ba ADN chiết được). Trình tự đích được xem là “phát hiện được” nếu ≥ 95 % các kết quả PCR của chất chiết mới cho thấy phát hiện dương tính. Trình tự đích được xem là “không phát hiện được” nếu < 95 % các kết quả PCR của chất chiết mới cho thấy phát hiện dương tính.

9  Tình trạng xác nhận giá trị sử dụng và tiêu chí hiệu năng

9.1  Yêu cầu chung

Xác nhận giá trị sử dụng theo một quy trình gồm hai phần:

a) xác nhận giá trị sử dụng nội bộ;

b) xác nhận giá trị sử dụng bằng thử nghiệm cộng tác.

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

Độ vững (robustness) của phương pháp đã được khẳng định trong thử nghiệm cộng tác bằng cách thay đổi các điều kiện phản ứng đối với các yếu tố sau:

a) thiết bị real-time PCR (ví dụ: ABI 7500, BioRad CFX96, ABI 7900 HT Fast, Eppendorf Realplex 41));

b) thể tích phản ứng: 19 μL hoặc 21 μL hỗn hợp thuốc thử PCR cộng với 5 μL ADN mẫu thử (nồng độ từ 20 ng/μL đến 200 ng/μL);

c) nhiệt độ gắn mồi: 59 °C và 61 °C;

d) nồng độ mồi hoặc đoạn dò: đều giảm 30 %.

Đối với mỗi yếu t được thử nghiệm, các phản ứng PCR được phân tích ba lần, mỗi lần 20 bản sao của trình tự đích và 100 bản sao của trình tự không phải đích là các kiểm chứng âm. Hiệu năng của phương pháp vẫn đạt yêu cầu đối với cả các mẫu thử và các kiểm chứng âm trong các điều kiện thay đổi đối với từng yếu tố thay đổi.

9.3  Độ tái lập

Độ tái lập của phương pháp được kiểm tra xác nhận trong thử nghiệm cộng tác có 12 phòng thử nghiệm tham gia, do Trung tâm Kỹ thuật Kiểm dịch Động vật, Thực vật và Thực phẩm, Hải quan Thượng Hải[2] tổ chức, phù hợp với nguyên tắc lUPAC[3] và các hướng dẫn BVL[4]. Các phòng thử nghiệm tham gia nhận được 12 mẫu ADN để đánh giá tỷ lệ dương tính giả và âm tính giả. Tất cả các mẫu được dán nhãn với số mã hóa ngẫu nhiên và bao gồm sáu mẫu lặp lại. 12 mẫu ADN là:

- sáu lọ dung dịch ADN của dê, 10 bản sao/μL;

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

Sử dụng phương pháp real-time PCR nêu trong tiêu chuẩn này và dãy các dịch pha loãng plasmid ADN có chứa trình tự đích để xác định số bản sao. Nồng độ của plasmid-ADN (bản sao/μL) được đo bằng máy PCR kỹ thuật số.

Các phòng thử nghiệm tham gia nhận được PCR master mix và các oligonucleotid (các mồi và đoạn dò) từ đơn vị tổ chức thử nghiệm cộng tác để tiến hành các thử nghiệm PCR.

ADN bộ gen của dê và bò được chiết lần lượt từ thịt dê và thịt bò, sau đó được chỉnh bằng đệm 0,2 × TE đến nồng độ danh nghĩa tương ứng là 10 bản sao/μL đối với ADN của dê và 20 bản sao/μL đối với ADN của bò.

Thử nghiệm cộng tác được thiết kế để xác định tỷ lệ dương tính giả và âm tính giả. Mỗi mẫu ADN được thử bởi các phòng thử nghiệm tham gia trong một thử nghiệm PCR duy nhất với 5 μL dung dịch ADN tương ứng, sử dụng quy trình và các điều kiện nêu trong Bảng 2 và Bảng 3. Kết quả của thử nghiệm cộng tác được liệt kê trong Bảng 4.

Bảng 4 - Kết quả phép thử cộng tác

Số phòng thử nghiệm tham gia

12

Số phòng thử nghiệm đưa ra kết quả

12

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

12

S kết quả được chấp nhận

144

Số mẫu thử được chấp nhận có chứa nguyên liệu từ dê

72

Số mẫu thử được chấp nhận không chứa nguyên liệu từ dê

72

Kết quả dương tính giả

0

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

0

Kết quả âm tính giả

0

Kết quả âm tính giả (tính bằng %)

0

9.4  Độ nhạy

Giới hạn phát hiện tuyệt đối (LOD95 %) đối với phương pháp này là năm bản sao ADN. Thử nghiệm cộng tác phương pháp phát hiện ADN của dê được thực hiện đồng thời với các thử nghiệm cộng tác phương pháp phát hiện ADN của ngựa và lừa. Trình tự ADN đích của dê, ngựa và lừa được tổng hợp và tạo dòng trong vectơ pUC57 [chiều dài 2 710 bp, mã số truy cập trong Ngân hàng gen/Cơ sở dữ liệu của châu Âu về trình tự nucleotid (EMBL) là Y14837], Plasmid PUC57-ghd đã tạo thành này (chiều dài 3 127 bp) được giải trình tự để đảm bảo rằng chỉ một bản sao của trình tự ADN đích của dê, ngựa và lừa được chèn vào (xem Hình 1). Không thấy có đột biến bị xóa hoặc chèn trong các trình tự được chèn (xem Hình 2). Trình tự đích của các phương pháp PCR tương ứng được đưa ra.

Chú dẫn:

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

2  nt 88~182 = amplicon lừa (95 bp)

3  nt 183~307 = amplicon ngựa (125 bp)

4  Promotor ngược M13

5  Vị trí khởi đầu sao chép ColE1

6  Gen β-lactamase (gen kháng ampicillin)

7  Gen promotor kháng ampicillin

8  Promoter xuôi M13

Hình 1 - Sơ đồ plasmid ADN đa đích

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

Đường một gạch liền đậm

nt 1~87 = amplicon dê (87 bp)

Đường hai gạch liền

nt 88~182 = amplicon lừa (95 bp)

Đường gạch ngang

nt 183~307 = amplicon ngựa (125 bp)

Hình 2 - Trình tự hoàn chnh của các nucleotide (nt) và chú giải của đoạn chèn trong plasmid pUC57

Mỗi phòng thử nghiệm tham gia vào thử nghiệm cộng tác nhận được một dung dịch chứa ADN plasmid pUC57 được chỉnh đến 1 000 bản sao/μL của trình tự đích (xem Hình 1 và Hình 2) trong ADN tinh trùng cá hồi nồng độ 20 ng/μL được phá vỡ tế bào bằng sóng siêu âm. Nồng độ được đo trước khi phân phối bằng thiết bị PCR kỹ thuật số (Hệ thống PCR Digital Droplet QX1002)). Dãy các dung dịch pha loãng thu được từ 12 phòng thử nghiệm nằm trong dải từ 0,02 bản sao/μL đến 4 bản sao/μL sử dụng đệm 0,2 × TE có chứa ADN tinh trùng cá hồi nồng độ 20 ng/μL được phá vỡ tế bào bằng sóng siêu âm. Mỗi phòng thử nghiệm tham gia đo sáu ln lặp lại cho mỗi mức nồng độ. Kết quả dương tính đạt được đối với 5 bản sao trên mỗi PCR bằng 78 trong số 78 lần thử nghiệm (xem Bảng 5).

Xác suất phát hiện (POD) mô tả xác suất mà quá trình khuếch đại PCR sẽ diễn ra tại một số bản sao đã cho của trình tự đích. Dữ liệu định tính thu được từ tất cả các phòng thử nghiệm và các mức pha loãng (xem Bảng 5) sử dụng để xác định POD = 0,95 của phương pháp phát hiện (xem Bảng 6) được nêu trong Tài liệu tham khảo [3], Độ lệch chuẩn xác định được là 0,30 và LOD95% là 3,2 bản sao; cả hai thông số đều thấp hơn mức tối đa yêu cầu lần lượt là 1 bản sao và 20 bản sao[4].

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

Số bản sao trình tự ADN đặc hiệu trong nhiễm sắc thể 9 của dê trên mỗi phản ứng PCR (danh nghĩa)

Số kết quả dương tính (Ct < 45) trong 72 kết quả

20

72

10

72

5

72

2

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

1

51

0,5

33

0,1

8

Bảng 6 - Kết quả thử nghiệm cộng tác đối vi xác suất phát hiện (POD)

Thông số

Trình tự ADN đặc hiệu trong nhiễm sắc thể 9 của dê

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

12

S lần lặp lại phân tích PCR trên mỗi mức pha loãng

6

Đường cong POD

Xác suất phát hiện trung bình giữa các phòng thử nghiệm (LPOD)

0,82

Độ dốc b so với đường cong POD lý tưng (b = 1)

1,16

Độ lệch chuẩn phòng thử nghiệm, σL

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

LOD95% (tính bằng các bản sao)

Trung vị của phòng thử nghiệm theo lý thuyết

3,2

9.5  Độ đặc hiệu

Trình tự đại diện từ trình tự ADN nhiễm sắc thể 9 của dê (mã số truy cập của trình tự trong Ngân hàng gen là NC_030816.1) được chọn làm đích PCR[1]. Mồi và đoạn dò được thiết kế và tối ưu hóa bằng cách sử dụng phần mềm tối ưu hóa và lựa chọn đoạn dò-mồi.

Độ đặc hiệu loại trừ lý thuyết của mi và đoạn dò gen trình tự ADN nhiễm sắc thể 9 của dê được phân tích để xác định tính tương đồng với các loài khác sử dụng chương trình BLASTN[5]. Sử dụng trình tự 87-bp làm trình tự truy vấn là một phần của trình tự có mã số truy cập trong NCBI là NC_030816.1 (vị trí các nucleotid: 33829251-33829337). Các kết quả nghiên cứu về sự tương đồng được nêu trong Phụ lục A. Không có sự tương đồng với các gen và các loài khác.

Các phép phân tích quy định trong Bảng 7 được thiết lập với ADN từ các loài khác nhau (khoảng 200 ng/PCR). Dữ liệu dự kiến lý thuyết được thiết lập bằng các trình tự truy vấn trong cơ sở dữ liệu NCBI công khai[5].

Độ đặc hiệu mục tiêu được thử nghiệm với 10 giống dê Capra hircus bao gồm dê Boer (nguồn gốc Nam Phi, lấy thịt), dê Angora (Thổ Nhĩ Kỳ, lấy len), dê Saanen (Thụy Sĩ, lấy sữa), dê Toggenburg (Thụy Sĩ, ly sữa), dê Nubia (Ai Cập, lấy thịt), dê Laoshan (Trung Quốc, lấy sữa), dê vàng châu Á (Trung Quốc, lấy thịt), dê Yimeng (Trung Quốc, lấy thịt), dê Liêu Ninh (Trung Quốc, lấy thịt) và dê Vân Nam (Trung Quốc, lấy thịt). Với khoảng 100 bản sao của ADN đích, tất cả các mẫu giống dê đều được phát hiện với các tín hiệu dương tính và đường cong khuếch đại dự kiến. Độ chọn lọc mục tiêu của trình tự đích 87 base cũng được đánh giá bằng chương trình BLASTN dựa trên dữ liệu toàn bộ gen động vật của Ngân hàng gen. Các kết quả cho thấy trình tự đích 87 base là duy nhất đối với dê được nêu trong Phụ lục A.

Bảng 7 - Độ đặc hiệu của phương pháp phát hiện trình tự ADN nhiễm sắc thể 9 của dê

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

Dự kiến về mặt lý thuyết

Khẳng định bằng thử nghiệm

Đng vật

Bò bison (Bison bison)

N

N

Lạc đà hai bướu (Camelus bactrianus)

N

N

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

N

N

Mèo (Felis catus)

N

N

Bò nhà (Bos taurus)

N

N

Gà rừng lông đỏ (Gallus gallus)

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

N

Chó nhà (Canis familiaris)

N

N

Lừa (Equus asinus)

N

N

Vịt c xanh (Anas platyrhynchos)

N

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

Nai sừng xám (Cervus canadensis)

N

N

(Capra hircus)

Pos

Pos

Cá vàng (Carassius auratus)

N

N

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

N

N

Ngựa (Equus caballus)

N

N

Bò Zebu (Bos indicus)

N

N

Chuột nhắt (Mus musculus)

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

N

Đà điu châu Phi (Struthio camelus)

N

N

Chim trĩ đỏ (Phasianus colchicus)

N

N

Lợn nhà (Sus scrota domesticus)

N

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

Bồ câu núi (Columba livia)

N

N

Chim cút thường (Coturnix coturnix)

N

N

Thỏ châu Âu (Oryctolagus cuniculus)

N

N

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

N

N

Khỉ vàng (Macaca mulatta)

N

N

Cừu (Ovis aries)

N

N

Cá hồi vân (Onchorhynchus mykiss)

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

N

Gà tây (Meleagris gallopavo)

N

N

Trâu (Bubalus bubalis)

N

N

Bò hoang Tây Tạng (Bos mutus)

N

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

Người

Người (Homo sapiens)

N

N

Thực vật

C linh lăng (Medicago sativa)

N

N

Ngô (Zea mays)

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

N

Cải dầu (Brassica rapa)

N

N

Lúa (Oryza sativa)

N

N

Cao lương (Sorghum bicolor)

N

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

Đậu tương (Glycine max)

N

N

Lúa mì (Triticum aestivum)

N

N

Chú dẫn

Pos: dương tính; N: âm tính

10  Báo cáo thử nghiệm

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

 

Phụ lục A

(Tham khảo)

Kết quả BlastN 2.9.0 đối với trình tự truy vấn của bộ gen tham chiếu trong Ngân hàng gen (441 cơ sở dữ liệu)

A.1  Trình tự truy vấn

A.1.1  ID trình tự truy vấn: NC_030816.1 (bp 33829251-3382337).

A.1.2  Mô tả: Nhiễm sắc thể 9 của giống dê San Clemente loài dê (Capra hircus), ASM170441v1, trình tự ngẫu nhiên (shotgun) của toàn bộ bộ gen.

A.1.3  Loại phân tử: axit nucleic.

A.1.4  Chiều dài trình tự truy vấn: 87.

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

Xem Hình A.1.

Chú dẫn:

1 Trình tự truy vấn

Hình A.1 - Chú dẫn đối với các điểm bắt cặp

A.3  Mô tả

Bảng A.1 - Mô tả

Mô t

Đim tối đa

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

Tỷ lệ bao phủ

%

Giá trị E

Độ tương đồng

%

Mã số truy cập

Nhiễm sắc thể 9 của giống dê San Clemente loài dê (Capra hircus) ASM170441v1, trình tự ngẫu nhiên (shotgun) của toàn bộ bộ gen

161

161

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

6e-36

100

NC_030816.1

A.4  Bắt cặp

Nhiễm sắc thể 9 của giống dê San Clemente loài dê (Capra hircus), ASM170441v1, trình tự ngu nhiên (shotgun) của toàn bộ bộ gen, ID trình tự: NC_030816.1

Chiều dài: 91568626

S điểm khớp: 1

Dải 1: từ 33829251 đến 33829337

Điểm

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

Đ tương đồng

Khoảng trng

Mch

161 bit (57)

6e-36()

87/87(100 %)

0/87(0 %)

Dương/Dương

Trình tự truy vấn

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

Trình tự tham chiếu

Trình tự truy vấn

Trình tự tham chiếu

 

Thư mục tài liệu tham khảo

[1] LOWE T. M,. EDDY S.R. tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence. Nucleic Acids Res. 1997, 25(5), pp. 955-964

[2] HORWITZ W. Protocol for the design, conduct and interpretation of method performance studies. Pure and Appl. Chem. 1995, 67, pp. 331-343

[3] Guidelines for the validation of qualitative real-time PCR methods by means of a collaborative study. Federal Office of Consumer Protection and Food Safety. Bundesamt fur Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit (BVL)

[4] UHLIG S., FROST K., COLSON B., SIMON K., MADE D., REITING R., GOWIK P., GROHMANN L. Validation of qualitative PCR methods on the basis of mathematical-statistical modelling of the probability of detection. Accred Qual Assur. 2015, 20, pp. 75-83

...

...

...

Bạn phải đăng nhập hoặc đăng ký Thành Viên TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.

Mọi chi tiết xin liên hệ: ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66

1) Đây là các ví dụ về sản phẩm thích hợp có bán sẵn. Thông tin này đưa ra tạo thuận li cho người sử dụng tiêu chuẩn và không ấn định phải sử dụng sản phẩm này.

2) Đây là ví dụ về sản phẩm thích hợp có bán sẵn. Thông tin này đưa ra tạo thuận lợi cho người sử dụng tiêu chuẩn và không ấn định phải sử dụng sản phẩm này. Các sản phẩm tương tự có thể được sử dụng nếu cho kết quả tương đương.

Nội dung văn bản đang được cập nhật

Tiêu chuẩn quốc gia TCVN 13842-5:2023 (ISO/TS 20224-5:2020) về Phân tích dấu ấn sinh học phân tử - Phát hiện nguyên liệu có nguồn gốc từ động vật trong thực phẩm và thức ăn chăn nuôi bằng real-time PCR - Phần 5: Phương pháp phát hiện ADN của dê

Số hiệu: TCVN13842-5:2023
Loại văn bản: Tiêu chuẩn Việt Nam
Nơi ban hành: ***
Người ký: ***
Ngày ban hành: 01/01/2023
Ngày hiệu lực: Đã biết
Tình trạng: Đã biết
Văn bản được hướng dẫn - [0]
Văn bản được hợp nhất - [0]
Văn bản bị sửa đổi bổ sung - [0]
Văn bản bị đính chính - [0]
Văn bản bị thay thế - [0]
Văn bản được dẫn chiếu - [5]
Văn bản được căn cứ - [0]
Văn bản liên quan ngôn ngữ - [0]

Văn bản đang xem

Tiêu chuẩn quốc gia TCVN 13842-5:2023 (ISO/TS 20224-5:2020) về Phân tích dấu ấn sinh học phân tử - Phát hiện nguyên liệu có nguồn gốc từ động vật trong thực phẩm và thức ăn chăn nuôi bằng real-time PCR - Phần 5: Phương pháp phát hiện ADN của dê

Văn bản liên quan cùng nội dung - [5]
Văn bản hướng dẫn - [0]
Văn bản hợp nhất - [0]
Văn bản sửa đổi bổ sung - [0]
Văn bản đính chính - [0]
Văn bản thay thế - [0]
Hãy đăng nhập hoặc đăng ký Tài khoản để biết được tình trạng hiệu lực, tình trạng đã bị sửa đổi, bổ sung, thay thế, đính chính hay đã được hướng dẫn chưa của văn bản và thêm nhiều tiện ích khác
Loading…